Лишайники состоят из двух компонентов, фотобионта и микобионта. В основу классификации положены признаки, характерные для микобионта: развитие и строение плодовых тел, строение сумок, спор, конидий. Учитывается также таксономическая принадлежность фотобионта и особенности слоевища как единого целого. Большое значение имеет химический состав, метаболиты лишайников (хемотаксономия).
Учитывая систематическую принадлежность микобионта, лишайники рассматривают в составе отделов Ascomycota и Basidiomycota.
