В 1923—27 годы, в период новой экономической политики, ВСНХ осуществлял управление промышленностью на принципах хозрасчёта, когда основной хозяйственной единицей в экономической системе промышленности был хозрасчётный промышленный трест. В 1928 году ВСНХ СССР объединял около 80 трестов общесоюзного значения, более 100 трестов республиканского значения и около 400 трестов местного значения с общим числом рабочих и служащих 2,7 миллиона человек. ВСНХ устанавливал трестам план, проверял его выполнение и регулировал рост и движение основных фондов. Для руководства производственной деятельностью трестов в рамках ВСНХ было создано Центральное управление государственной промышленностью (ЦУГПром ВСНХ СССР), в рамках которого образованы отраслевые «директораты», а для экономического регулирования и планирования — Главное экономическое управление (ГЭУ ВСНХ СССР). Одной из функций ВСНХ того периода было контролирование государственных средств, вложенных в акционерные общества.
