На ранних этапах эволюции позвоночных животных их пищеварительная система постепенно усложнялась, в ней появлялись новые органы. У всех современных животных - от рыб до человека - эта система построена по единому плану: за желудком следует тонкая кишка, в которой переваривается большинство видов пищи, там же происходит и всасывание, за тонкой кишкой следует толстая кишка, где процессы переваривания и всасывания завершаются. У позвоночных - более совершенные пищеварительные железы - печень и поджелудочная железа (пищеварительные железы есть у моллюсков, часто пищеварительная железа несет функции печени и поджелудочной железы одновременно). Пищеварительные железы являются выростами пищеварительного тракта, в процессе онтогенеза превращаются в самостоятельные органы. Связь с тонкой кишкой они сохраняют с протоков, открывающихся в кишку. У позвоночных животных в связи с их при к обитанию в различных экологических условиях и использованием разнообразной пищи выработались свои характерные особенности: усложняется строение зубов, появляется многокамерный желудок (например у жвачных), удлиняется кишечный тракт (у растительноядных) и др. Тем не менее, у всех животных, от самых низших до наиболее организованных, химия пищеварения и участвующих в нем ферментов очень сходны. Таким образом, в ходе эволюции пищеварительная система постепенно усложнялась, добавлялись новые органы и, наконец, выработался сложный механизм, который достиг наибольшей сложности у человека.
Впервые специальные органы выделения - протонефридии появляются у плоских червей.Они представляют собой систему канальцев по всему телу и открываются наружу одним отверстием выделительной порой. От главных каналов отходят более мелкие, заканчивающиеся звездчатыми клетками. Продукты распада из межклеточного пространства диффузно попадают в клетку, затем в выделительный каналец, далее в выделительную пору.У круглых червей протонефридии сменили кожные железы с длинными каналами.У кольчатых червей с появлением вторичной полости тела (целома) возникают метанефридии. Они представляют собой систему извитых канальцев. Один конец канальцев открывается в целом воронкой (нефростомом), усаженную клетками со жгутиками, другой конец - открывается нефропорой на боковой поверхности тела. У кольчатых червей метанефридии расположены в каждом сегменте. Выделительную функцию выполняют как нефростом, так и стенки канальца.