анаэробные бактерии живут в воде, лишенной кислорода, или в иле, где формируется восстановительная среда, и вырабатывают метан в процессе разложения углеводородов простой структуры. в такой же среде встречаются и некоторые виды сульфобактерий, которые восстанавливают сульфаты сернистых соединений и вырабатывают сероводород. эти микроорганизмы способствуют образованию черного сернистого железа в результате реакций железа с сероводородом, и поэтому грязь и ил окрашены в характерный черный цвет.[
анаэробная фаза в реакторе важна для осуществления селекции фосфор-аккумулирующих бактерий. в результате создания благоприятных условий биомасса в значительной степени будет состоять именно из фосфор-аккумулирующих бактерий.[
