Система пищеварительных органов представлена трубкой, начинающейся ротовым отверстием и заканчивающейся анальным отверстием. Только в области ротового и анального отверстий энтодермальный эпителий незаметно переходит в эктодермальный. Пищеварительный тракт подразделяется на следующие основные отделы: ротовая полость, служащая для принятия пищи; глотка — отдел, всегда связанный с органами дыхания: у рыб в глотку открываются жаберные щели, у наземных позвоночных в глотке располагается гортанная щель; глотку справедливо называют дыхательным отделом пищеварительной трубки; пищевод; желудок — расширение кишечного тракта, имеющее в некоторых случаях весьма сложное устройство; кишечник, в типичном случае подразделяющийся на переднюю, или тонкую, среднюю, или толстую, и заднюю, или прямую, кишку.
Боковая линия — чувствительный орган у рыб, а также у личинок земноводных и некоторых взрослых земноводных, воспринимающий движение и вибрации окружающей воды. Используется для ориентации, а также для охоты. Внешне выглядит как тонкая линия на обеих сторонах тела, тянущаяся от жаберных щелей до основания хвоста. У некоторых видов часть рецепторов боковой линии преобразованы в электрорецепторы и могут улавливать электрические колебания окружающей среды. Некоторые представители ракообразных и головоногих имеют схожие органы.