Такой вид сожительства называется паразитизм. При этом один организм поселяется внутри тела другого организма или прямиком на его теле (в случае трутовика). При этом паразит наносит ущерб организму, за счёт которого живёт (он называется хозяином): он потребляет массу органических и неорганических веществ, истощая организм хозяина; разрушает жизненно важные клетки (в случае ВИЧ); выделяет токсины в кровь; провоцирует воспалительные процессы и другие иммунные реакции. Паразиты вызывают множество заболеваний.
Так как микроорганизмы представлены либо микроскопическими растениями (бактерии, актиномицеты, водоросли, грибы), либо микроскопическими животными (простейшие и др.), то можно говорить, что в состав биоценозов входят и растения и животные. Еще более существенно разделение организмов, входящих в состав биоценозов, на автотрофов и гетеротрофов.