Используется преимущественно как лекарственное растение. трава хвойника двухколоскового издавна применялась в качестве эффективного народного средства от мышечных и суставных болей при ревматизме, при расстройствах органов пищеварения и заболеваниях лёгких и бронхов. Хотя в настоящее время в научной медицине эфедриновые алкалоиды при ревматизме не используются, имеются данные, свидетельствующие об их противовоспалительном действии.Трава хвойника используется для приготовления отвара или чая, который принимают внутрь. Необходимо иметь в виду, что трава хвойника — сильнодействующее средство, которое в больших дозах опасно интоксикацией.
Грибы поражают запасы зерна, фураж, солому и сено. Иногда продукты становятся непригодными к использованию из-за токсичности метаболитов гриба.