1. Структура водных экосистем значительно проще наземных.
Это объясняется тем, что во многих водных экосистемах, и прежде всего в глубоководных, нет атмосферы и почвы. Несколько сложнее структура мелководных экосистем, так как в прибрежных водных сообществах значительную роль играет и воздушная среда.
2. На организмы водных экосистем воздействуют такие факторы среды, которые не имеют никакого значения для организмов наземных экосистем, и наоборот.
При изучении наземных экосистем прежде всего приходится исследовать влажность и температуру среды, а для водных – температуру, газовый режим, растворенные и взвешенные в воде вещества.
3. Водные и наземные экосистемы характеризуются различным видовым составом растительных и животных организмов.
В водных экосистемах преобладают низшие растения, в первую очередь водоросли, тогда как в наземных – высшие цветковые растения.
Животное население водных экосистем представлено чрезвычайно широко, но высшие позвоночные животные имеют здесь второстепенное значение.
4. Водные и наземные экосистемы отличаются трофическими связями между организмами.
В водных экосистемах большая часть вещества и энергии включена в пастбищные цепи, а в наземных экосистемах наибольшее значение имеют детритные цепи
Первое отличие состоит в разном направлении отбора. В природных экосистемах существует естественный отбор, отвергающий неконкуренто виды и формы организмов и их сообществ в экосистеме и тем самым обеспечивающий ее основное свойство — устойчивость. В агроценозах действует преимущественно искусственный отбор, направленный человеком прежде всего на максимальное повышение урожайности сельскохозяйственных культур. По этой причине экологическая устойчивость агроценозов невелика. Они не к саморегуляции и самовозобновлению, подвержены угрозе гибели при массовом размножении вредителей или возбудителей болезней. Поэтому без участия человека, его неустанного внимания и активного вмешательства в их жизнь агроценозы зерновых и овощных культур существуют не более года, многолетних трав — 3—4 года, плодовых культур — 20—30 лет. Затем они распадаются или отмирают.
Второе отличие — в источнике используемой энергии. Для естественного биогеоценоза единственным источником энергии является Солнце. В то же время агроценозы, помимо солнечной энергии, получают дополнительную энергию, которую затратил человек на производство удобрений, химических средств против сорняков, вредителей и болезней, на орошение или осушение земель и т. д. Без такой дополнительной затраты энергии длительное существование агроценозов практически невозможно.
Третье отличие сводится к тому, что в агроэкосистемах резко снижено видовое разнообразие живых организмов. На полях обычно культивируют один или несколько видов (сортов) растений, что приводит к значительному обеднению видового состава животных, грибов, бактерий. Кроме того, биологическое однообразие сортов культурных растений, занимающих большие площади (иногда десятки тысяч гектаров) , часто является основной причиной их массового уничтожения специализированными насекомыми (например, колорадским жуком) или поражения возбудителями болезней (мучнис-торосяными, ржавчинными, головневыми грибами, фитофторой и др.) .
Четвертое отличие состоит в разном балансе питательных элементов. В естественном биогеоценозе первичная продукция растений (урожай) потребляется в многочисленных цепях (сетях) питания и вновь возвращается в систему биологического круговорота в виде углекислого газа, воды и элементов минерального питания