Колониальные микроорганизмы лучше защищены от негативных влияний факторов окружающей среды, нежели одноклеточные. Колониальным гораздо проще добывать себе питательные вещества и другие необходимые для их жизнедеятельности компоненты, поскольку они не конкурируют друг с другом, а из-за большего охвата территории и наличию цитоплазматических мостиков между клетками-участниками колоний происходит более быстрый и эффективный захват и перераспределение всех ресурсов. Колониальным организмам проще размножаться половым путём, поскольку в колонии всегда присутствуют другие представители вида, подходящие для обмена генетическим материалом. Колониальным организмам гораздо проще переносить нехватку определённых необходимых для их жизнедеятельности веществ, поскольку в моменты отсутствия таковых они могут фагоцитировать своих собратьев по колонии.
Главной направляющей силой эволюции является естественный отбор.