Заповедник «Брянский лес» — часть физико-географического района Неруссо-Деснянского полесья, расположенного в бассейне среднего течения реки Десны (левый приток рекиДнепр). Рельеф заповедника — пологий, равнинный. Минимальная высота над уровнем моря — 134,5 м (урез воды в р. Нерусса), максимальная — 189,4 м. На суходолах преобладают песчаные и супесчаные дерново-подзолистые почвы; в поймах — аллювиальные луговые и низинные болотные почвы. В старину брянские леса занимали гораздо большую площадь, чем сейчас, и считались дремучими.
