1. Структура водных экосистем значительно проще наземных.
Это объясняется тем, что во многих водных экосистемах, и прежде всего в глубоководных, нет атмосферы и почвы. Несколько сложнее структура мелководных экосистем, так как в прибрежных водных сообществах значительную роль играет и воздушная среда.
2. На организмы водных экосистем воздействуют такие факторы среды, которые не имеют никакого значения для организмов наземных экосистем, и наоборот.
При изучении наземных экосистем прежде всего приходится исследовать влажность и температуру среды, а для водных – температуру, газовый режим, растворенные и взвешенные в воде вещества.
3. Водные и наземные экосистемы характеризуются различным видовым составом растительных и животных организмов.
В водных экосистемах преобладают низшие растения, в первую очередь водоросли, тогда как в наземных – высшие цветковые растения.
Животное население водных экосистем представлено чрезвычайно широко, но высшие позвоночные животные имеют здесь второстепенное значение.
В наземных экосистемах, наоборот, высшие позвоночные, особенно млекопитающие и птицы, играют главную роль.
4. Водные и наземные экосистемы отличаются трофическими связями между организмами.
Низшие растения это водоросли, например хламидамонада, рдест;
Высшие - это споровые и семенные, например, хвощ и ель.