Одним из наиболее важных признаков, используемых в классификации простейших, служат органоиды движения. у жгутиковых это жгуты, или бичи - тонкие цитоплазматические выросты. они обычно находятся на переднем конце тела и отходят от особых базальных зерен (базального тела или кинетосомы). количество жгутиков у разных видов колеблется от 1 до 8 и более. у некоторых жгутиковых (лейшмании, трипаносомы) у основания жгутика, кроме того, помещается особый органоид - кинетопласт. по своей ультраструктуре он соответствует митохондрии, но отличается высоким содержанием днк. считают, что в кинетопласте происходит генерация энергии для движения жгутика, который совершает вращательное движение и как бы ввинчивается в воду. у некоторых представителей класса жгутик проходит вдоль тела, соединяясь с ним тонким выростом цитоплазмы. упомянутый вырост, или ундулируюшая мембрана, совершает волнообразные движения и служит дополнительным органоидом движения.тело жгутиковых имеет микроскопические размеры, покрыто пелликулой и имеет относительно постоянную форму (овальную, грушевидную или веретеновидную), характерную для каждого вида. ядро клетки пузырьковидной формы, содержит одно или несколько ядрышек. обычно жгутиковые имеют по одному ядру, но встречаются двухядерные формы. у многих видов имеются сократительные вакуоли, у паразитических форм она отсутствует.
Два червя сближаются и обмениваются сперматозоидами, которые поступают в их семяприемники. Затем на теле каждого червя образуется слизистая муфточка. Сокращениями мышц червь сдвигает её к переднему концу тела. Когда муфточка проходит мимо отверстий протоков яичников и семяприемников, внутрь её попадают яйцеклетки и сперматозоиды. Потом муфточка соскальзывает с червя и смыкается в кокон, где из оплодотворённых яиц развиваются маленькие черви. Кроме полового у малощетинковых наблюдается и бесполое размножение: тело червя делится на две части, у передней регенерирует задний конец, а у задней - передний.