Живу матерію на різних рівнях її організації вивчають за до різних методів. Для наукового дослідження будь-який біологічний об'єкт потрібно класифікувати, тобто визначити його належність до тієї чи іншої групи (наприклад, органічних речовин — до білків, ліпідів, вуглеводів чи нуклеїнових кислот тощо, живих істот — до відповідного виду, роду, родини і т. д.). Порівняння об'єктів дослідження можливе лише в межах певного рівня організації (наприклад, порівняння певної молекули з іншими молекулами, клітини — з іншими клітинами, виду — з іншими видами тощо).
