Водоросли, наравне с любым другим биологическим видом представляют очень существенную важность для всей биосферы в целом, поскольку являются неотъемлемой частью многих систем обратной связи, обеспечивающей её динамическое равновесие. Так, например, водоросли являются продуцентами биомассы для многих жителей водной среды, которые в свою очередь производят биомассу для последующих звеньев цепи питания, а также являются источником последней для редуцентов (организмов, перерабатывающих органические вещества в неорганические). Данный пример характеризует участие водорослей в процессе круговорота вещества и энергии.
Водоросли являются природным индикатором загрязненности водоемов. Чем больше в водоеме разнообразных зелёных водорослей, тем более он загрязнён. Однако их подлинная роль не в том, чтобы маркировать такие водоемы, а в том, чтобы своим присутствием постепенно очищать их от загрязняющих факторов, дабы в дальнейшем они вновь стали пригодными для жизни других водных обитателей.
Водоросли играют довольно важную роль в процессе насыщения воды в водоемах кислородом, благодаря наличию в структуре их клеток таких органелл, как пластиды. Кстати, именно благодаря разнице в том, какой из пигментов доминирует в составе пластид, и формируется все огромное многообразие видов водорослей, включающее бурые, зелёные, сине-зелёные, саргассовые и многие другие виды.
