Всех животных Л. делил на 6 классов: млекопитающие, птицы, амфибии, рыбы, черви и насекомые. В класс амфибий входили земноводные и пресмыкающиеся, к классу червей он отнёс все известные в его время формы беспозвоночных, кроме насекомых. Одно из достоинств этой классификации в том, что человек был включён в систему животного царства и отнесён к классу млекопитающих, к отряду приматов. Классификации растений и животных, предложенные Л. , с современной точки зрения искусственны, т. к. они основаны на небольшом числе произвольно взятых признаков и не отражают действительного родства между разными формами. Так, на основании одного лишь общего признака - строения клюва - Л. относил страуса, казуара, павлина и курицу к одному отряду. Сознавая искусственность своей системы, Л. пытался построить "естественную" систему, основанную на совокупности многих признаков, но не достиг цели.
К.Линней в основу классификации организмов положил принцип иерархии, где наименьшей систематической единицей был вид. При систематизации видов учитывались знания сравнительной анатомии и морфологии, которые еще только зарождались. Однако Линневская классификация не отражала последовательное происхождение различных форм живого от общих предков, т.к. в те времена такой науки как палеонтология не существовало, а о генетике вообще еще никто и не помышлял. Современная классификация отражает эволюционные взаимоотношения и родственные связи между организмами, но принцип иерархии сохраняется.