Озеро находиться в глубокой впадине с одноименным названием, образовавшейся в результате интенсивного движения земной коры. Дно Бакала неоднородно. Оно состоит из трех котловин: Южной, Северной и Средней. Впадины разделяются Селенгинским и Академическим хребтами. Его береговая линия сформировалась лишь 8 тыс. лет назад, а самые глубокие места имеют историю в 150 тыс. лет. Это связано с тем, что ледниковые озера, каким и является Байкал, могут жить только 10-15 тыс. лет, а далее происходит его заиливание и заболачивание.
Озера, з яких річки не витікають, називаються безстічними. Із річковими і підземними водами до озера надходять солі. Якщо озеро безстічне, то солі в ньому нагромаджуються і вода поступово засолюється. Солоні озера виникають у посушливому кліматі. Там відбувається велике випаровування з їх поверхні, тому вода сильно насичується солями. Іноді їх так багато, що солі випадають на дно і береги у вигляді осаду.