20 сентября 1519 года флотилия во главе с Магелланом вышла из порта Санлукар-де-Баррамеда (устье реки Гвадалквивир). Вскоре на эскадре разгорелся конфликт. Капитаны других кораблей вновь стали требовать, чтобы Магеллан дал им разъяснения о маршруте. Но он отказался, заявив: «Ваша обязанность следовать днем за моим флагом, а ночью за моим фонарем». Вместо прямого пути кЮжной Америке Магеллан повел флотилию близко к Африке. Вероятно, он пытался избежать возможной встречи с португальскими кораблями. Этот маршрут был довольно труден для плавания. Магеллан заранее разработал систему сигналов, позволявшую флотилии всегда держаться вместе. Каждый день корабли сходились на близкое расстояние для ежедневного рапорта и получения указаний[13].
Капитан «Сан-Антонио» Картахена, являвшийся представителем короны в плавании, во время одного из рапортов демонстративно нарушил субординацию и стал называть Магеллана не «капитан-генерал» (адмирал), а просто «капитан». Картахена был вторым лицом в экспедиции, по статусу почти равным командиру. В течение нескольких дней он продолжал это делать, несмотря на замечания Магеллана. Тому пришлось терпеть это, пока капитаны всех кораблей не были созваны на «Тринидад» для решения вопроса о судьбе матроса-преступника. Забывшись, Картахена снова нарушил дисциплину, но на этот раз он был не на своем судне.
Група Магеллановых пингвинов в ПатагонииМагеллан лично схватил его за шиворот и объявил арестованным. Картахене разрешили находиться не на флагманском корабле, а на кораблях сочувствующих ему капитанов. Командиром «Сан-Антонио» стал родственник Магеллана Алвару Мишкита[14].
29 ноября флотилия достигла побережья Бразилии, а 26 декабря 1519 года — Ла-Платы, где проводились поиски предполагаемого пролива. «Сантьяго» был послан на запад, но вскоре вернулся с сообщением, что это не пролив, а устье гигантской реки. Эскадра начала медленно продвигаться на юг, исследуя берег. На этом пути европейцы впервые увидели пингвинов[13].
Продвижение на юг шло медленно, кораблям мешали штормы, близилась зима, а пролива все не было. 31 марта 1520 года, дойдя до 49° ю. ш., флотилия встает на зимовку в бухте, названной Сан-Хулиан[15][16].
