Природні умови регіону надзвичайно різноманітні й у багатьох частинах території екстремальні для життя та господарської діяльності людини. На півночі величезні площі всього субрегіону займає найбільша й найспекотніша пустеля світу Сахара, де зафіксована найвища у світі температура повітря +58 °С у тіні. У Південній Африці також значні площі зайняті пустелями Калахарі та Наміб. Найкращі природні умови притаманні приморським районам і територіям Східної Африки. У цілому савани з тривалим посушливим періодом року, напівпустелі та пустелі займають понад 80 % материка. У районі екватора в Центральній та Західній Африці поширені вологі й змінно-вологі ліси.
Середні температури повітря материка становлять улітку +25-30 °С, а взимку — +10- 25 °С. На найвищих вершинах Африки протягом року лежить сніг. Кількість опадів дуже змінюється як у межах усього материка, так і в межах окремих його територій. В екваторіальній зоні їх випадає до 2000 мм, у районі Гвінейської затоки — до 4000 мм. У пустелях зазвичай протягом року випадає не більше 100 мм опадів. У деяких місцевостях, наприклад у пустелі Наміб, дощі не випадають роками.
У молодих Атлаських горах на півночі материка бувають руйнівні землетруси. Найвищі вершини Африки, Кіліманджаро та Кенія, є згаслими вулканами. Африка розбита глибокими розломами. Процес відколювання Східної Африки від основної частини материка продовжується й нині.
Основний водотік із континенту спрямований до Атлантичного океану. Саме сюди впадають найбільші річки — Конго, Нігер і Ніл. З великих річок лише Замбезі несе свої води до Індійського океану. Річки повноводні й дуже багаті на гідроресурси, але на них багато порогів і водоспадів, що стримує розвиток судноплавства. Є також великі озера, які належать до найбільших і найглибших у світі (Танганьїка, Вікторія, Ньяса тощо).
