Ложе океана занимает самую большую часть его дна. Оно пересечено многочисленными поднятиями, отделенными друг от друга обширными зодводными котловинами. Среди подводных возвышенностей выделяется система Срединно-Индоокеанских хребтов, три ветви которых расходятся из района острова Родригес. На северо-запад отходит Аравийско-Индайский хребет, на юго-запад — Западно-Индийский хребет, переходящий далее в Африкано-Антарктический, на юго-востоке — Центральный, который затем продолжается Австрало-Антарктическим поднятием. В восточной части океана почти по меридиану вытянут Восточно-Индийский хребет. На юге от острова Кергелен к Антарктиде подходит хребет Кергелен. В разных районах океана прослеживается много небольших поднятий. Крупные и менее значительные подводные возвышения разделяют океаническое ложе на различные по размерам и глубинам котловины. К ним относятся: Оманская, Аравийская, Сомалийская, Коморская, Маскаренская, Мадагаскарская, Крозе, Западно- и Южно-Австралийская и др. К краевому глубоководному Зондскому желобу приурочена максимальная глубина Индийского океана (7130 м). Главные особенности рельефа океанского дна выявлены в основном в последние 10-15 лет.
Наиболее распространённые интрузивные (глубинные) породы - это граниты, диориты, габбро, сиениты. Наиболее распространённые эффузивные (излившиеся) породы - это базальты, диабазы, андезиты, андезито-базальты, риолиты, дациты, трахиты. Обломочные неорганические - песок, галька, гравий, глина. Химические горные породы - калийные и поваренные соли. Органические горные породы состоят из остатков животных, растений, живущих или живших когда-то на Земле. большую . Это мел, известняки, каменный и бурый уголь, нефть. Метаморфическими называют горные породы, изменившие свои свойства и внешний вид под воздействием высоких температур и давления. В результате движения пластов Земли, сильного сжатия и последующего разогрева известняк превращается в мрамор, гранит — в гнейс.