Рельеф бассейна р. Енисей разнообразен. Горы и плато занимают около половины площади, на низменности приходится примерно 6%, остальная часть – холмы и межгорные котловины.
Южную часть рассматриваемой территории занимает Алтайско-Саянское нагорье, охватывающее горы Восточного Алтая, Тувинские горы, Западный Саян, значительную часть Восточного Саяна, Минусинскую впадину и межгорные котловины.
Абаканский и Шапшальский хребты с максимальными высотами 3000 – 3500 м разделяют речные системы Енисея и Оби. Здесь находятся истоки Абакана и Хемчика. Юго-западные склоны Шапшальского хребта характеризуются альпийским рельефом, северо-восточные склоны относительно пологие. Цирки, кары и троговые долины свидетельствуют о древнем оледенении. Снеговая линия проходит на высотах 3000–3150 м. Северные склоны хребтов покрыты лесом (лиственница, кедр), верхняя граница их распространения 1200–2000 м. Вершины гор занимают высокогорные пустоши и тундра.
Западный Саян простирается в северо-восточном направлении на 630 км от верховьев р. Абакан до верховьев р. Казыр. Это сильно расчлененная горная система, состоящая из хребтов с обширными выровненными поверхностями. Над среднегорными вершинами и плосковерхими хребтами высотой до 2000 м возвышаются более высокие остроконечные вершины и пилообразные гребни альпийского типа (хребты Эргаки и Араданский). Главный водораздел системы проходит по хребтам Сальджур, Сайлыг-Хем-Тайга, Саянскому (2500–2900 м), Ойскому (1800–2000 м), Эргаки, Тазарама (2000-2600 м). Самая высокая отметка – гора Бай-Тайга на плато Алаш (3129 м). Климат в западной части более влажный. До высоты 800 м преобладают светлые парковые леса (сосна, лиственница) с густым травяным покровом. Выше распространены темнохвойные влажные еловые и пихтово-кедровые леса (до отметок 1300–1400 м), еще выше – разреженные кедровые леса (до 1800 м), над которыми господствует высокогорный пояс с его субальпийскими и альпийскими лугами и горной тундрой. На северных склонах Западного Саяна берут начало правобережные притоки Абакана, левобережные Казыра и Тубы. На южных – притоки Хемчика (Алаш, Ак-Суг), Енисея (Ус) и Большого Енисея (Систиг-Хем, Казас).
