Безпосередніх військових та політичних наслідків Марафонська битва не мала. Перси, незважаючи на втрати, яких вони зазнали у Марафонській долині, та загальну невдачу того походу, не вважали себе переможеними і готувалися до повномасштабної війни проти Греції. Єдиний висновок, який зробило перське командування з тої (незначної, на їхній погляд) події, була необхідність мати кінноту для бою проти фаланги.
У той самий час моральний вплив перемоги під Марафоном на все грецьке суспільство був дуже значним. Вперше були продемонстровані перевага грецької зброї та грецького військового мистецтва над перськими. Елліни упевнились у можливості опору перській агресії, незважаючи на значну численну перевагу персів. Ця впевненість зіграла важливу роль у подальших подіях.
У південній частині Марафонської рівнини, за 800 м від моря, і нині піднімається пагорб Соро — братська могила афінян, що загинули у битві. Всі їх імена були накреслені на 10 надгробних плитах, за числом 10 аттичних філ. Недалеко звідти розташовані ще дві менші могили: одна — платейців, інша — рабів, що також брали участь у битві. На північ від великого пагорба знаходиться мармурова руїна Піргос — гробниця Мільтіада, або, так званий, трофей битви.
Петр III начал свое правление довольно деятельно, рядом любопытных мер. Можно думать, что он действовал с чьей-то указкой, стараясь показать, что он достоин власти. Вступил он на престол 25 декабря 1761 г., а уже 17 января 1762 г. в Сенате подписал указ о возвращении опальных людей царствования и заявил свою волю относительно службы дворян: "Дворянам службу продолжать по своей воле, сколько и где пожелают". 18 февраля явился и манифест о вольности дворянской. В нем говорилось, что прежде необходимо было заставлять дворян служить и учиться, невольная служба и учение принесли пользу, ибо дали государству много сведущих, годных к делу людей […]. Но обязанности обучения манифест 18 февраля не упразднил, а выразил ее лишь в виде повелительного совета с высоты трона, "чтобы никто не дерзал без обучения наук детей своих воспитывать".