Десятки тысяч лет назад на месте современной дельты Кубани был громадный залив Азовского моря, который простирался от Таманского полуострова до нынешнего Приморско-Ахтарска и вглубь вплоть до Краснодара. Постепенно в результате деятельности реки и моря образовалась пересыпь, которая отделила море от залива и превратила его в лагуну, которая со временем заполнилась речными наносами и превратилась в низменную дельту Кубани с многочисленными мелководными лиманами, соединяющими их протоками и обширными болотистыми плавнями. Грязевые вулканы Таманского полуострова тоже сыграли некоторую роль в формировании южной части древней дельты Кубани.