Кокандский правитель Алим, провозглашенный в 1800 году ханом, властвовал первоначально только в Ферганской долине. В 1810 году он присоединил феодальные владения Ташкента. Его преемник Омар-хан в результате успешной войны с эмиром Бухары сумел завоевать обширные кочевые владения казахов, города Туркестан, Аулие-Ата и другие территории. Кокандское ханство становится самым большим в Центральной Азии, оставив позади Бухарское и Хивинское ханства.
Начиная с 20-х годов XIX века кокандцы стали строить агрессивные планы в отношении Кыргызстана и осуществлять набеги вглубь кыргызских земель. В течение 20 -30 годов Мадали-хан — преемник Омар-хана — предпринял большое наступление для покорения северного Кыргыстана. Одна часть сто войска, выступив из Ташкента через города Чимкент, Аулие-Ата в Чуйскую долину и достигла берегов Иссык- Куля. Другая, выйдя из Ферганской долины, преодолела перевал Кугарт, вышла в Суусамыр, а оттуда через Джумгал, Кочкор, Ат-Баши, Нарын направилась к Иссык-Кулю, на соединение с отрядами первой группировки.
Кыргызы все как один поднялись на борьбу с врагом и оказали упорнейшее сопротивление войскам кокандского хана. Атаки некоторых отрядов кокандцев окончились полным их поражением. Кокандский военачальник Хаккула с большим трудом подавил вооруженное сопротивление кыргызов на Тянь-Шане, возглавляемое Тайлак батыром.
Однако, несмотря на это, кокандцы все-таки одержали верх. Причинами поражения были отсутствие единства среди кыргызов и слабое вооружение. Немалую роль сыграло и то, что хан подкупил некоторых видных кыргызских манапов, которые, по существу, противодействовали борьбе за независимость.
Одной из наиболее значимых составных частей России, как в досоветский период, так и в настоящее время, является Сибирь. Это географическое название, несколько столетий назад являлось общим для всех территорий, находящихся за Уралом. Для многих россиян оно и по сегодня объединяет в себе Урал, Западную и Восточную Сибирь, а также Дальний Восток, то есть, 87% общей площади Российской Федерации.
Вхождение Сибири в состав нашей страны ускорило развитие этого края. Однако российское правительство сразу столкнулось с трудностями, связанными с управлением этой территорией. Необходимо было удерживать приобретенные земли, подавлять выступления недовольных, устанавливать дипломатичные связи с азиатскими странами, развивать торговлю, открывать промыслы, колонизировать страну и обеспечивать ее продовольствием. Ситуация осложнялась тем, что Сибирь была далеко от правительственного надзора – Москвы и Петербурга. В итоге, при осуществлении центрального управления Сибирью в досоветский период, верховная власть столкнулась с трудностями, в еще более значительными, чем те, с которыми сталкиваются современные российские власти.
В правящих кругах Россия начала ХIХ века основной стала идея об отступлении на окраинах страны от универсальной общегосударственной административно-политической структуры. Значительные размеры территории, этническая и социальная разнородность населения, удаленность от центра усложняли управление Сибирью. Кроме того, к началу этого времени резко снизилась доходность этой территории. Стремление учесть местную специфику нашло отражение в законодательстве 1803-1806 гг. В 1803 году именным указом Александра I было поручено тайному советнику И.О. Селифанову произвести обследование Сибири и выдвинуть свои предложения, как удобнее разделить Сибирь и какие для нее нужны особые законы.
В 1803 году была проведена новая административная реформа. Восстанавливалось должность генерал-губернатора упраздненная в 1877 году. Именным указом «Об образе управления сими губерниями» компетенция генерал-губернатора еще более расширилась, определялись его права и обязанности [2; c.46]. Он являлся верховным представителем царской власти в Сибири. Ему подчинялись губернаторы всех сибирских губерний и начальник Камчатки. В руках генерал-губернатора сосредоточилась высшая административная власть: поручался надзор за деятельностью всех административных и хозяйственных сооружений. Он утверждал решения судебных учреждений, управлял сибирскими национальными меньшинствами; ему подчинялись все войска, находящиеся на территории Сибири. Он мог по своему усмотрению смещать «нерадивых» чиновников, кроме губернаторов, вице-губернаторов, начальников палат [1; с.7]. По сути, это был возврат к системе управления петровских времен.
В качестве главных задач генерал-губернатора выделялись следующие: добиться исправного и точного исполнения чиновниками их обязанностей распространению земледелия, заботиться о поселении за Байкалом; искоренить в Сибири «дух ссоры я ябеды» путем наказания по суду доносчиков; наблюдать, чтобы кроме установленных сборов и повинностей, не были установлены никакие другие, оставить ясачных при их собственных правах и обычаях и следить, чтобы никто не вмешивался в их дела.