Сподіваючись, що ім'я батька до згладити внутрішні конфлікти, старшина обирає гетьманом 18-річного Юрія Хмельницького. Переляканий силою російського війська й погрозами Трубецького, Юрій повірив підробленому тексту Переяславської угоди 1654 р. і у 1659 р. підписав новий і дуже невигідний варіант документу. У 1660 р. між Москвою та Польщею знову вибухнула війна за владу над Україною. Молодий гетьман вступив у переговори з поляками, й коли росіяни зазнали нової страшної поразки під Чудновом, Юрій погодився на повернення України до складу Речі Посполитої.
Козаки виступили проти Хмельницького, обравши наказним гетьманом Якова Сомка.
У січні 1663 р. пригнічений власною неспроможністю опанувати становище Хмельницький складає гетьманську булаву і йде в монастир.
Одним из главнейших вопросов внешней политики царствования Алексея Михайловича стало присоединение Украины. Большая часть левобережной Украины под руководством Богдана Хмельницкого неоднократно просила о присоединении. О важности этого направления говорит то, что третий и последний за время правления Алексея Михайловича Земский собор занимался этим вопросом. Осенью 1653 г. собор принял решение о принятии Украины в состав государства. Однако присоединение части Украины привело к войне с Речью Посполитой. Успешная военная компания привела к ухудшению отношений со Шведским государством, которое не одобряло целей внешней политики Алексея Михайловича и стремилось не допустить усиления России и закрыть ей выход к Балтийскому морю. Осложнение отношений со шведами привели в 1656 г. к еще одной войне. Русские войска успешно начали военную компанию, взяв Юрьев (Дерпт) и осадив Ригу. Но уже в 1958 году России пришлось заключить трехлетнее перемирие со Швецией из-за осложнившегося положения на Украине. Результатом этого стала новая война с Польшей, закончившаяся лишь в 1667 году Андрусовским перемирием, согласно которого России отходили левобережная Украина, Смоленские и Черниговские земли. Усиление Османской империи, войска которой приняли ряд вооружённых походов против Австрии и Речи Посполитой сближению этих государств с Россией.