В 1396 году Гус получает степень магистра и остается на должности преподавателя. Главной темой своей преподавательской деятельности он избирает труды Джона Уиклифа – английского богослова и праотца движения лоллардов и протестантизма, обвиняемого Римской церковью в ереси. В учении Яна Гуса содержится критика богатства церкви и абсолютной власти Папы. Творчество Уиклифа, дискуссии о котором разворачивались на семинарах, оказало ключевое влияние на ум Гуса, переориентировав его взгляд в сторону реформаторства и критики пороков церковного руководства и клириков. В 1402 году Гус становится ректором Пражского университета и деканом факультета искусств при короле Вацлаве IV.
