Абулгази Бахадырхан в 1662 году подписывает договор с бухарским ханом и в 1663 году власть передает своему сыну Анушахану. При Анушахане отношения Хива — Бухара еще более обостряются. Анушахан несколько раз устраивает военные действия, которые приводят Бухарское ханство к разрушениям. Его войска даже дошли до Бухары, заняли Самарканд. Наконец, в 1685 году в сражении недалеко от Гиждувана хивинские войска были разгромлены. Бухарский хан Субханкулихан организовал интригу против Анушахана. В 1687 тот был свергнут с престола и ослеплен.
Субханкулихан смог создать из своих сторонников в Хиве такую группу заговорщиков, с которых в конце XVI — начале XVII века в Хиве организовалась «игра с ханами» — сменялись десятки ханов. В результате этих событий политическая жизнь Хивинского ханства усложнилась еще больше, государство осталось в водовороте противоречий. При хивинском хане Шергазихане (1714-1728) бухарский хан Абулфайзхан начал направлять аральцев против хивинского хана. В результате население Приаралья отделилось от Хивинского ханства. Внутренние противоречия в Хивинском ханстве продолжались с преимуществом то одной, то другой стороны до смерти Шергазихана.
Политическое положение Хивинского ханства особенно осложнилось в период правления Элбарсхана (1728-1740). Элбарсхан подавил внутренние противоречия, вместе с тем совершал нападения на соседние территории. В то же время старался Бухаре в борьбе против Надиршаха.
После подчинения Бухары в 1740 году Надиршах начал поход на Хивинское ханство. В сражении вблизи Хазараспа хивинские войска потерпели поражение. А в сражении в Хонке хивинцы полностью были разгромлены. Элбарсхан был убит.
В 1740 году Надиршах назначает хакимом Хивы своего поверенного и возвращается в Иран. В Хиве устанавливается иранская система управления. Внедряется еще один вид налога с населения — «моли омон». После этого опять усиливаются беспорядки. В ходе внутренних войн некоторое, время преимущество было на стороне туркменских племен — явмутов. Хива потеряла свою независимость, прежде культурная страна превратилась в поле грабежа. Караванный путь, соединяющий Азию с Европой, вовсе потерял свое значение. Ханы же на практике стали зависимыми от иноков.
Преобладающее большинство населения Узбекистана исповедует ислам (около 75 % на 2020 год, преимущественно сунниты ханафитского мазхаба[1])); христиане и иудеи (бухарские евреи) составляют религиозные меньшинства. Деятельность мусульман координирует Духовное управление мусульман Узбекистана, руководителем которого является муфтий. Мусульманское духовенство готовят ряд специализированных учебных заведений, расположенных в Ташкенте и Бухаре.
Христиане представлены главным образом русскоязычными православными, а также католиками (Римско-католический храм Святейшего Сердца Иисуса в Ташкенте), баптистами (около 3800 верующих[2]), лютеранами (Евангелическо-лютеранская церковь Узбекистана)[3] и адвентистами[4]. Предпринимались попытки насаждения иеговизма[5][6]. Христианство на территории Узбекистана (ранее известного как Согдиана) известно с V века и было представлено преимущественно в форме несторианства. Однако в конце средневековья оно было практически уничтожено. Лишь с началом русской экспансии в XIX веке здесь начинают строиться церкви для пришлого европейского населения[7]. Религиозную деятельность православных координирует Ташкентская и Среднеазиатская епархия
Ислам — 2050
Пресвитерианская христианская церковь — 52
Русская православная церковь — 37
Баптисты — 23
Пятидесятники («Полное Евангелие») — 21
Адвентисты седьмого дня — 10
Иудаизм — 8
Бахаи — 6
Римско-католическая церковь — 5
«Новые апостолы» — 4
Лютеране — 2
Армянская апостольская церковь — 2
Свидетели Иеговы — 1
Кришнаиты — 1
Буддизм — 1
Церковь «Глас Господа» — 1
Библейское Общество — 1