Императрицей Феодора стала 1 апреля 527 года, когда её супруг был коронован императором, соправителем умирающего императора Юстина I. Спустя 4 месяца Юстин скончался . Феодора правила государством 22 года наравне с Юстинианом: смещала и назначала высших должностных лиц в империи, оказывала влияние на законодательную и внешнеполитическую деятельность императора, занималась дипломатической перепиской, принимала иностранных послов и т. д. Значимое положение Феодоры как в жизни Юстиниана, так и в делах управления империей, подчеркивает надпись, сделанная Юстинианом на передней стороне золотого престола в реконструированном им храме Святой Софии: «Твоя от Твоих приносим Тебе Твои, Христе, рабы Юстиниан и Феодора».[8] По сообщению «Хронографии Феофана» Феодору в её поездке на тёплые Пифийские воды «сопровождали градоначальник патриций Минас и патриций Илья, начальник милостыней и другие патриции, спальничие и вельможи, всех до четырёх тысяч».
Прокопий приводит случай, достоверность которого сомнительна, но характеризует влияние Феодоры в государстве. Когда в горах Кавказа персидское войско терпело неудачи, то царь персов Хосров зачитал письмо Феодоры своему вельможе Завергану со следующей фразой: «За это я обещаю тебе многие блага со стороны моего мужа, который ничего не предпринимает, не посоветовавшись со мной».[4] Эти слова вызвали некоторый подъём боевого духа у персов, взгляды которых на роль женщины в обществе оставались патриархальными. По мнению Прокопия любое назначение на должность, произведенное без согласования с Феодорой, заканчивалось для того человека «самой позорной смертью». Феодора была мстительной женщиной и императрицей, никогда не прощала своих врагов.
В управлении империей произошло размежевание интересов: Юстиниан проводил общую политическую линию, а Феодора интересовалась её деталями. Иоанн Эфесский, рассказывая о крещении нубийского племени (см. ниже в разделе религиозная деятельность), сообщает о том, что византийские чиновники на местах боялись больше императрицы, чем императора. Один из них оправдывается перед послом Юстиниана: «Страх перед царицей хорошо мне известен, поэтому я не посмел противиться им [посланцам Феодоры]».
Влияние Феодоры не ослабевало вплоть до её кончины. С влиянием Феодоры связывают принятие ряда законов, улучшавших положение женщин, а также суровых норм по отношению к гомосексуалам, предусматривавших наказание в виде публичного оскопления.
