11 апреля 1827 года он был избран в Трезене президентом Греции. В период пребывания на посту президента Каподистрия проявил себя как сторонник русско-греческой дружбы, поддерживая тесные личные связи с русскими правящими кругами. Город Нафплио (Навплио) после победы греческой революции стал столицей освобожденной Греции, здесь заседал первый греческий парламент и бывший министр иностранных дел Российской империи, врач, дипломат, граф Иоаннис Каподистрия возглавил молодое греческое государство с 1827 года по 27 сентября 1831 года.Политика Каподистрии вызвала недовольство англичан и французов, стремившихся подорвать влияние России в Греции. В 1830—31 они инспирировали восстание против правительства Каподистрии, и 9 окт. 1831 в Навплионе он был убит перед храмом Св.Спиридона.
Правление царя Михаила Федоровича (а точнее, соправительство между ним и его отцом патриархом Филаретом (в миру Фёдором) Романовым при активном участии Земских соборов) было призвано восстановить страну после Смутного времени. В первую очередь, надлежало прекратить войны с Речью Посполитой и Швецией и гарантировать мир и безопасность от внешнего врага. Со Швецией был заключен мир в 1617 году в Столбове. С Речью Посполитой был подписан мир в 1619 году в Деулино, хотя королевич (впоследствии король) Владислав Ваза продолжал выдвигать претензии на российский престол.
Во-вторых, было необходимо гарантировать стабильность в стране, и с этим справлялся Земский Собор. Регулярные созывы Собора были необходимы, чтобы дать высказаться всем сословиям о ситуации в стране.
В-третьих, было необходимо восстанавливать разрушенную экономику. После прекращения гражданских войн люди начали возвращаться на покинутые места, укреплялись позиции служилого дворянства, которое получало поместья. Восстанавливалась торговля, как внутри страны, так и внешняя.