в 1529 году между кантонами возник первый конфликт. поводом его был арест в швице цюрихского священника якоба кайзера, который был сожжён несмотря на протесты цюриха. в ответ цюрих и берн выдвинули свои силы к каппелю. однако при посредничестве других кантонов между противоборствующими сторонами был заключён мир, по условиям которого протестантские кантоны являлись победившей стороной и получали значительную денежную компенсацию. так называемая первая каппельская война закончилась, так и не начавшись.
однако стороны продолжали активно готовиться к новой войне. тогда как католические кантоны заручились поддержкой эрцгерцога австрии фердинанда, цвингли искал поддержки у протестантских князей германии. для этого он обратился к филиппу гессенскому. тот предложил цвингли встретиться с лютером, что произошло в городе марбург. однако итоги диспута оказались далеко не теми, что ожидал цвингли — лютер отказался признать в нём единоверца, в результате чего швейцарцы не получили из германии.
в 1531 году назрела новая конфронтация между «христианским союзом городов» и лесными кантонами. однако берн отказался от решительных действий, выступая за блокаду католических кантонов. да и в самом цюрихе желающих участвовать в военных действиях было не так уж и много. в результате цюрихское войско оказалось намного меньше, чем ожидалось. у католиков войско было примерно в 4 раза больше. в результате 11 октября 1531 года цюрихский отряд был разгромлен превосходящими силами противника, при этом на поле осталось около 80 католиков и 500 цюрихцев, среди которых был и сам цвингли. на следующий день его тело опознали, тут же был организован суд, по итогам которого труп цвингли был сперва четвертован, затем сожжён, а пепел смешан с пеплом свиньи и рассеян по ветру.
20 ноября 1531 года был заключён второй мирный договор, в результате которого реформаты потеряли все плоды своей первой победы. католицизм был насильственно водворён в некоторых спорных территориях. о проведении реформации в других кантонах не могло быть и речи.
