Флаг Санкт-Петербурга, обозначающий единство жителей, культурное достояние города, конституционно-правовой статус, являющийся официальным символом города, был принят 8 июня 1992 года. Флаг представляет из себя красное прямоугольное полотнище, на котором расположены два перевернутых якоря и золотой скипетр с герба города. Детали скипетра изображаются желтым цветом, якоря - белым.
В апреле 2001 года в Мариинском дворце депутатские слушания, на повестке дня которых стоял вопрос о возможных изменениях рисунка , а также корректировке длины и ширины официального флага. Были представлены возможные варианты нового флага. Внесение изменений мотивировалось тем, что в безветренную погоду и на расстоянии изображение речного и морского якорей с лежащим поверх них скипетром читается очень плохо - практически, эмблема неразличима. Было также предложено изменение соотношения длины и ширины с 1:2 на 2:3. К рассмотрению предлагались такие варианты, как изображение белого косого креста на красном полотнище, у древка - желтая пятиконечная звезда, которая символизировала подвиг горожан в годы Великой Отечественной войны. Второй вариант был более простой: косой белый крест на красном полотнище.
Один из депутатов предлагал создать флаг Санкт-Петербурга на базе Андреевского флага (Военно-Морской флот России). На белое полотнище предлагалось нанести синий косой крест и упрощенное изображение петербургского герба. Это сочетание символизировало собой морскую историю Санкт-Петербурга. Этот вариант не был принят, как противоречащий российским нормативным актам: на базе Андреевского флага могут создаваться только другие военно-морские флаги. По этому же поводу невозможно было разместить на флаге желтую пятиконечную звезду - это основа флага сухопутных Вооруженных Сил Российской Федерации. Белый же косой крест исторически используется на флаге Шотландии. Проблему с нечитаемостью символики на флаге в безветренную погоду предложили решать с распространенных средств укрепления полотнища (например, бечевой по периметру). Изменение соотношения длины и ширины было признано разумным, так как избегать трудностей при одновременной демонстрации нескольких флагов
Флаг Санкт-Петербурга - один из первых территориальных флагов, который был включен в Государственный Геральдический регистр.
Флаг Санкт-Петербурга был принят в 1992 году с занесением в ГГР РФ под номером 49. Незначительные изменения законодательство о флаге города претерпевало в 2003 и 2004 годах.