Отец - Иван IV Васильевич Грозный
Мать - Анастасия Романовна Захарьина-Юрьева, сестра Никиты Романовича Захарьина и тетка его сына, Федора Никитича Романова, известного под именем Филарета (Федор Никитич Романов - отец Михаила Романова, первого русского царя из династии Романовых).
Венчался на царство 19 (31) мая 1584 года
Наследников мужского пола не имел. Им считался младший сын Ивана Грозного и Марии Федоровны Нагой царевич Дмитрий (погиб в Угличе 15 мая 1591 года)
Царь Федор Иоаннович умер 7 января 1598 года в Москве.
Похоронен в Архангельском соборе Московского Кремля.