Глибинні причини війни крилися в проблемах росту чисельності козацтва та небажанні польської влади визнати його привілеї як військового люду загалом для цілої верстви, а не лише для дуже обмеженого кола осіб - реєстровців, хоча і їхнє положення не виглядало аж надто твердо.
Приводом же для збурення спокою стали події, пов'язані з підготовкою Речі Посполитої до війни з Туреччиною. На сеймі 1590 p., де жваво обговорювалася проблема підготовки до війни з Туреччиною, було ухвалено рішення про мобілізацію небаченого раніше стотисячного війська, до складу якого мали увійти й набрані за королівським призовом двадцять тисяч козаків. Зважаючи на скрутне становище, реалізація плану розпочалася негайно і вже на весну 1590 р. було мобілізовано тисячу козацької кінноти та дві тисячі - піхоти. Козацькі формування негайно були висунуті для охорони південних рубежів - на Поділля. Важливим проявом гострого зацікавлення влади козацькими послугами стали надзвичайно швидке нобілітування цілого ряду козацьких старшин і надання їх маєтностей.
Але невдовзі конфлікт було залагоджено, причому за рахунок козацтва. Так, польський уряд погодився на вимогу турецької сторони вивести козаків із Дніпровського Низу та заборонити їх виправи на Чорне море. Аби змусити козаків до покори, керівництво Речі Посполитої вдалося до демонстрування грубої сили, надсилаючи до козаків численні погрози. За умов, що склалися, така політика виглядала відвертою провокацією.
Ескалації конфлікту сприяло й те, що саме в цей час на українських землях набувають різкого загострення соціально-економічні суперечності, породжені стрімким розширенням шляхетського землеволодіння. У процеси "земельної гарячки" були втягнуті й представники українських князівських родів - Вишневецьких, Острозьких, Ружицьких та інших. Перед тим вони сприймалися козацтвом як його покровителі, а відтепер у гонитві за землею не гребували й захопленням тих наділів, якими здавна користувалися козаки.
Подією, яка переповнила чашу терпіння, стала особиста образа, завдана козацькому гетьману Криштофу Косинському князем К. Острозьким і його сином Янушем. Користуючись своїм неймовірним впливом на місцеву адміністрацію та впливовими зв'язками у столиці, вони не дозволили Косинському вступити в права володіння маєтком, наданим йому універсалом королем, оскільки вже давно виношували плани оволодіння ним. Особиста образа козацького ватажка впливовим магнатом, що очолював місцеву адміністрацію (К. Острозький був воєводою київським), уособлювала собою глибинний конфлікт козацтва та влади. А тому дуже швидко конфлікт розрісся до небачених раніше масштабів, перетворившись на справжню козацьку війну.