Раніше крапчастий ховрах зустрічався на більшій частині території України. Але через знищення місць проживання і цькування хімічними препаратами, їх кількість різко скоротилася. На початку 2000-х популяція ховрахів не перевищувала й тисячі особин, поширених у Харківській та Луганській областях невеликими колоніями.