Творческое наследие композитора довольно обширно: 14 опер, в том числе «Сын мандарина» (1859), «Вильям Ратклифф» (по Генриху Гейне, 1869), «Анджело» (на сюжет драмы Виктора Гюго, 1875), «Сарацин» (по сюжету Александра Дюма-отца, 1898), «Капитанская дочка» (по А. С. Пушкину, 1909), 4 детские оперы; произведения для оркестра, камерных инструментальных ансамблей, фортепиано,скрипки, виолончели; хоры, вокальные ансамбли, романсы (более 250), отличающиеся лирической выразительностью, изяществом, тонкостью вокальной декламации. Среди них популярны «Сожжённое письмо», «Царскосельская статуя» (слова А. С. Пушкина), «Эоловы арфы» (слова А. Н. Майкова) и др.
Симфонии Гайдна, как правило, содержат типичные четыре части (allegro, andante, менуэт и финал), хотя порой композитор увеличивал число частей до пяти (симфонии "Полдень", "Прощальная") или ограничивался тремя (в самых первых симфониях). Иногда ради достижения особого настроения он изменял обычную последовательность частей (симфония №49 начинается скорбным adagio). Все симфонии Гайдна непрограммны, они не имеют какого-то определённого сюжета. Исключение составляют три ранние симфонии, названные самим композитором "Утро", "Полдень", "Вечер" (№№ 6, 7, 8). Все другие названия, данные симфониям Гайдна, принадлежат слушателям. В зрелых симфониях Гайдна устанавливается классический состав оркестра, включающий все группы инструментов - струнные, деревянные и медные духовые, ударные.
