Помимо разделения властей «по горизонтали», существует разделение властей «по вертикали» — разграничение предметов ведения и полномочий между органами государственной власти РФ и органами государственной власти субъектов РФ, а также разделение властей в самих субъектах федерации.
Статьёй 1 Федерального закона «Об общих принципах организации законодательных (представительных) и исполнительных органов государственной власти субъектов Российской Федерации» от 6 октября 1999 года закреплены такие принципы деятельности органов государственной власти, как единство системы государственной власти, разделение государственной власти на законодательную, исполнительную и судебную в целях обеспечения сбалансированности полномочий и исключения сосредоточения всех полномочий или большей их части в ведении одного органа государственной власти либо должностного лица, самостоятельное осуществление органами государственной власти принадлежащих им полномочий. Указанным федеральным законом также определены основные полномочия, основы статуса и порядка деятельности законодательных (представительных) и высших исполнительных органов государственной власти, а также высших должностных лиц субъектов РФ. К судам субъектов РФ относятся конституционные (уставные) суды и мировые судьи. В субъектах РФ также действуют территориальные органы федеральных органов исполнительной власти, а также должностные лица Администрации президента РФ, органы прокуратуры, избирательные комиссии и другие государственные органы, которые не относятся ни к одной из основных ветвей власти.
