2121 декабря 1993 года Президент России Б. Н. Ельцин подписал указ об упразднении Министерства безопасности Российской Федерации и о создании Федеральной службы контрразведки Российской Федерации (ФСК России). 3 апреля1995 года Президент подписал Федеральный закон «Об органах федеральной службы безопасности в Российской Федерации», вступивший в силу 12 апреля 1995 года. В соответствии с ним, по решению Президента Российской Федерации, ФСК России была переименована[3] в Федеральную службу безопасности Российской Федерации, при этом не проводилось организационно-штатных мероприятий, сотрудники службы (включая директора и его заместителей) оставались на своих должностях без переназначений и переаттестаций. 23 июня 1995 г. соответствующие изменения «задним числом» были внесены в структуру федеральных органов исполнительной власти[4]. Этим же указом были утверждены положение о службе и структуре её центрального аппарата, повторявшей структуру ФСК за некоторыми исключениями (воссоздано следственное управление, появилось управление специальных операций, а секретариат преобразован в управление делами).
Указом Президента РФ от 20.12.1995 N 1280 «Об установлении Дня работника органов безопасности Российской Федерации» — был установлен праздник — День работника органов безопасности Российской Федерации, который отмечается 20 декабря.
14 августа 1996 года официальное наименование службы было изменено с «Федеральная служба безопасности Российской Федерации» на «Федеральная служба безопасности России». 9 сентября 1996 года переименование было отменено.
В мае 1997 г. произведена крупная реорганизация центрального аппарата: из 22-х управлений осталось 5, остальные сгруппированы в 5 департаментов[5].
11 марта 2003 года Президент Российской Федерации В. В. Путин своим указом передал функции Федеральной пограничной службы Российской Федерации и часть функций ФАПСИ в ведение ФСБ России.
В июле 2004 г. произведена следующая крупная реорганизация центрального аппарата: вместо департаментов созданы службы Федеральной безопасности, количество заместителей директора уменьшено с двенадцати до четырёх (включая двух первых)[6].
В декабре 2004 года руководителем Следственного управления ФСБ России назначен генерал-лейтенант юстиции Олешко Николай Алексеевич.
31 июля 2014 года Председатель Правительства Российской Федерации Дмитрий Медведев подписал постановление правительства № 743, по которому соцсети, форумы и любые сайты для общения, доступные всем пользователям интернета должны подключать оборудование и ПО для силовиков согласно плану мероприятий, разработанных ФСБ России. С этого спецслужбы смогут в автоматическом режиме получать информацию о действиях пользователей этих сайтов, схема работает аналогично СОРМ. При этом представители интернет-отрасли не были ознакомлены с итоговым текстом закона, также не известно за чей счёт будет устанавливаться оборудование[
