Сосна на вершине Сигнальной Горы В парке произрастают 1870 видов растений, из которых 1700 — местные виды, а ещё 170 являются предположительно заносными. Имеется восемь видов хвойных деревьев, при этом скрученная широкохвойная сосна занимает 80 процентов всех лесных площадей. Другие виды, в том числе псевдотсуга Мензиса (или псевдотсуга Дагласа, или пихта Дагласа — Pseudotsuga menziesii) и сосна белокорая встречаются небольшими группами по всей территории парка, при этом около семи процентов популяции этого вида сосны поражено грибом-паразитом Cronartium ribicola, который вызывает так называемую пузырчатую ржавчину. Ещё одно хвойное дерево, растущее в парке, — сосна горная веймутова (Pinus monticola). Самые частые лиственные деревья — осины, ивы, берёзы (встречаются большей частью в подлеске). Интересно, что площадь осиновых лесов в парке уменьшалась в течение всего XX века, но недавно вновь стала увеличиваться.Большая часть цветковых растений цветёт в период между маем и сентябрем. Одно из них, Аброния песколюбивая, или Йеллоустонская песчаная вербена (Abronia ammophila) из семейства Никтагиновые (Nyctaginaceae), обнаружено в диком виде только в границах парка; другие виды абронии обычно растут в гораздо более теплом климате, и появление в парке этого растения, по всей видимости, связано с микроклиматом, создаваемым геотермическими источниками. Это редкое растение существует примерно в 8000 экземплярах, все они растут в песчаных почвах по берегам озера Йеллоустон. Ещё одно из эндемичных растений парка — злак Agrostis rossae из рода полевица.
