Позже Пётр I назначил Шеина главнокомандующим всей армией, командующим артиллерией, конницей и главой (судьей) Иноземского приказа. В 1697 году Шеин служил в Азове, руководил строительством морской гавани в Таганроге[5]. Ему приходилось постоянно отражать набеги турок и татар.
