Когда родился Федор, Иван Грозный повелел построить церковь в Феодоровском монастыре городаПереславль-Залесский. Этот храм в честь Феодора Стратилата стал главным собором монастыря и сохранился до настоящего времени. По преданию, на месте самого рождения царевича, в урочище Собилка, в 4 км от города по направлению к Москве, была поставлена каменная часовня-крест, также сохранившееся до нашего времени.
9 ноября 1581 года от раны, по одной из неподтверждённых версий, нанесённой отцом, погиб наследник престола Иван. С этого времени Фёдор стал наследником царского престола.
Со слов самого Ивана Грозного, Фёдор был «постник и молчальник, более для кельи, нежели для власти державной рождённый». От брака сИриной Фёдоровной Годуновой имел одну дочь (1592), Феодосию, прожившую всего девять месяцев и скончавшуюся в том же году (по другим сведениям — скончалась в 1594 году). В конце 1597 года Фёдор смертельно заболел и 7 (17) января 1598 года в час ночи скончался. На нём пресеклась московская линия династииРюриковичей (потомство Ивана I Калиты).
Большинство историков считают, что Фёдор был не к государственной деятельности, по некоторым данным слабый здоровьем и умом; принимал мало участия в управлении государством, находясь под опекой сперва совета вельмож, затем своего шурина Бориса Фёдоровича Годунова, который с 1587 года фактически был соправителем государства, а после смерти Фёдора стал его преемником. Положение Бориса Годунова при царском дворе было столь значимо, что заморские дипломаты искали аудиенции именно у Бориса Годунова, его воля была законом. Фёдор царствовал, Борис управлял — это знали все и на Руси, и за границей.
