встречаются таежные виды —красная полевка, восточноазиатская мышь, белка.
Список млекопитающих включает даурского ежа, 4 вида землероек-бурозубок, 6 видов рукокрылых, даурскую пищуху и 2 вида зайцев, 22 вида грызунов, хищников семейств собачьих (5 видов) куньих (6 видов), кошачьих (2 вида), парнокопытных (4 вида). Некогда территорию, где располагается заповедник, населяли ныне исчезнувшие кулан и горный баран (аргали).
Из насекомых наиболее хорошо изучены чешуекрылые или бабочки; всего в Даурском заповеднике зарегистрировано 1096 видов этой группы.
Список сосудистых растений заповедника в настоящее время насчитывает 446 видов. Заповедник сохраняет более 28 видов растений, внесённых в региональную Красную книгу, а 3 — в российскую
