Более 60 редких разновидностей растений и животных заповедника занесены в различные Красные Книги. Животные Коргалжынского заповедника включают 43 вида млекопитающих и 14 разновидностей ихтиофауны. Не совсем изучены в заповеднике насекомые, но на сегодня уже определено более 700 видов, обитающих в этой местности. Предполагается, что их видовое разнообразие может составлять около 5 000. В Красной Книге Казахстана состоят 5 видов растений: поникающий тюльпан, тюльпан Шренка, горицвет (адонис волжский), прострелы желтоватый и поникающий. Следует отметить, что именно тюльпан Шренка, выделяющийся яркой окраской и крупными размерами, является родоначальником самых первых сортов тюльпанов, выведенных в XVI столетии в Голландии. 40 разновидностей ихтиофауны занесены в республиканскую Красную Книгу, 26 видов в МСОП.
Сформированный зародышевый мешок имеет восемь клеток, и лишь три из них принимают участие в развитии семени, остальные отмирают. Гомологичные органы свидетельствуют о том, что в ходе при эволюции признаки претерпевают глубокие изменения, которые приводят к образованию новых видов, родов и более крупных систематических групп животных и растений.