Фиалка трёхцветная — однолетнее или двулетнее наземное травянистое растение (по И. Г. Серебрякову), терофит или гемикриптофит (по Х. Раункиеру).
Корень
Фиалка трёхцветная имеет тонкий, стержневой маловетвистый, буроватый корень, почти отвесно внедряющийся в землю.
Стебель
Стебель обыкновенно ветвистый, трёхгранный, голый или опушённый отогнутыми вниз волосками, полый внутри, достигающий в высоту 10—30 (45) см; нередко от корня отходят несколько прямостоящих или стелющихся стеблей.
Листья
Листья очерёдные, черешковые, голые или по жилкам рассеянно-волосистые, крупногородчатые. Нижние листья широкояйцевидные, с довольно длинными черешками, верхние — продолговато-ланцетные, сидячие с короткими черешками; прилистники по два при каждом листе, перисто-лировидные, длиннее листовых черешков.
Цветок
Тип соцветия фиалки трёхцветной — фрондозная кисть. Цветки зигоморфные, сидящие на длинных, трёх- или четырёхгранных, голых или слегка опушённых, наверху загнутых цветоносах, выходящих поодиночке из листовых пазух; каждый цветонос несёт в верхней своей части, близ цветка, по 2 маленьких прицветника.
Чашечка пятилистная, зелёная, после цветения неопадающая; листочки у неё удлинённо-ланцетовидные, заострённые, нежно-волосистые, по краям короткореснитчатые, при основании с тупым коротким пластинчатым отростком; два нижних чашелистика несколько больше остальных.
Это многолетний листостебельных мох достаточно крупных размеров с ризоидами в нижней части стебля (примитивными аналогами корней). Первичный горизонтальный стебель развивается без листьев. Вторичный стебель прямостоячий, может быть как так и разветвленный. Длина вторичного стебля составляет, в среднем, 10-15 см, но может достигать 30-40 см. Стебли густо покрыты листьями, каждый из которых на верхней своей поверхности имеет ассимиляционные пластиночки и крупную основную жилку. Нижние листья на стебле развиваются в форме чешуек.
Во внутреннем строении стебля различают примитивную проводящую систему, благодаря чему вода с растворенными питательными веществами перемещается по стеблю. Отдельные удлиненные клетки стебля, в которых отсутствует содержимое, соединены порами аналогично трахеидам высших растений. Их предназначение – транспортировка воды.
