Главным различием между представителями данных подцарств является то, что у одних роль единого организма выполняет клетка, в то время как у других для функционирования организма клетки кооперируются в отдельные ткани, из различных тканей в органы и тд в порядке усложнения организации. К одноклеточным относятся как прокариоты, так и эукариоты. Фундаментальным различием между ними является отсутствия ядра у первых и наличие ядра у вторых. Если у прокариот генетическая информация заключена в достаточно крупную не обособленную в отдельный компартмент молекулу ДНК, то у эукариот информация скрыта под ядерной оболочкой. Кроме того, различия касаются также деления клеток (у прокариот простое деление, у эукариот – митоз и мейоз).