1. Папоротник имеет крупные листья - вайи, у хвощей же маленькие чешуевидные листья.
2. Хвощи - однополые, папоротник же имеет обоеполый гаметофит.
3. Хвощи имеют членистое корневище, а папоротник просто корневище.
4. Споры у папоротников созревают на нижней стороне листьев, у хвощей же споры созревают в спороносных колосках.
5. В строении споры. Споры хвощей имеют гигроскопичные ленты (элатеры).
6. В строении спорофита. У хвощей наблюдается летний (вегетативный, стерильный) побег и весенний (спороносный), который представлен стробилами (там происходит созревание спор).