Клетки эукариотов отличаются от прокариот большими размерами, формой, но в первую очередь, конечно, внутренним строением. У эукариот генетическая информация содержится в виде хромосом, которые состоят из плотно свёрнутых молекул ДНК, находящихся в ядре. Причины подобной похожести клеток всех эукариот кроются в том, что все они происходят от одного предка и более адекватных механизмов передачи генетической информации, нежели с ядра - попросту нет.
У эукариот гораздо больше органелл, которые выполняют огромное множество разнообразных функций и имеют самое разное строение. У прокариот обычно выделяют гораздо меньшее количество органелл, которые, к тому же зачастую ещё и менее функциональны. Причины такого строения органелл всех клеток эукариот в том, что они выполняют множество сложных функций, в составе большого организма.
Клеточные стенки прокариот в основной своей массе состоят из муреина (пептидогликана) и может проявлять грамположительные или граммотрицательные свойства. У растительных клеток клеточные стенки состоят из целлюлозы, в состав клеточных стенок клеток грибов входит хитин, а в составе клетки животного клеточной стенки - нет, поскольку клеткам животного необходима постоянная подвижность и быстро реагировать и менять форму.
