Клубень - это зачаточный побег растения, следовательно обычно содержит в себе почки (например, глазки у картофеля).
Корнеплод - это часть растения, которая ассоциирована с корнем и служит для запасания питательных веществ, а его формировании участвует как корень, так и стебель.
Корневище - это видоизменённый побег, содержащий в своей структуре разнообразные элементы, характерные для стебля и придаточные корни.
Корень - включает в свою структуру разнообразные элементы, характерные для корневой системы (центральную его часть, придаточные, вегетативные корни и т.д.).