Шапинкові гриби можуть вступати в симбіоз з кореневою системою різних рослин та водоростями або ціанобактеріями.
Гіфи гриба обплутують корені рослин і навіть можуть проникати всередину кореня, утворюючи мікоризу (гриб отримує від рослини необхідні для забезпечення процесів життєдіяльності органічні речовини, гіфи гриба допомагають збільшити площу поверхні кореневої системи рослини, певні види шапинкових грибів трапляються лише під деякими видами дерев - підберезник, підосичник, білий гриб або боровик зростає разом з дубами, ялинами, соснами, у сосняках можна знайти лисички, маслюки та ін.).
