Созданная Линнеем система растительного и животного мира завершила огромный труд ботаников и зоологов 1-й половины 18-го в. Одна из главных заслуг Линнея в том, что в десятом издании "Системы природы" в 1759г. он применил и ввёл в употребление так называемую бинарную номенклатуру (от лат. binarius - двойной), согласно которой каждый вид (биологический) обозначается двумя латинскими названиями - родовым и видовым. Линней определил понятие "вид", пользуясь как морфологическими (сходство в пределах потомства одной семьи), так и физиологическими (наличие плодовитого потомства) критериями, и установил чёткое соподчинение между систематическими категориями: класс, отряд (порядок), род, вид, вариация. От этого труда ведёт своё начало вся общепринятая зоологическая и ботаническая номенклатура на латинском языке.
В основу классификации растений Линней положил число, величину и расположение тычинок и пестиков цветка, а также признак одно-, дву- или многодомности растения, т.к. считал, что органы размножения - самые существенные и постоянные части тела у растений. На основе этого принципа он делил все растения на 24 класса. Благодаря простоте применённой им номенклатуры значительно облегчились описательные работы, виды получили чёткие характеристики и названия. Сам Линней открыл и описал около 1500 видов растений.
Всех животных Л. делил на 6 классов: млекопитающие, птицы, амфибии, рыбы, черви и насекомые. В класс амфибий входили земноводные и пресмыкающиеся, к классу червей он отнёс все известные в его время формы беспозвоночных, кроме насекомых. Одно из достоинств этой классификации в том, что человек был включён в систему животного царства и отнесён к классу млекопитающих, к отряду приматов. Классификации растений и животных, предложенные Линнеем, с современной точки зрения искусственны, т.к. они основаны на небольшом числе произвольно взятых признаков и не отражают действительного родства между разными формами. Так, на основании одного лишь общего признака, строения клюва, Линней относил страуса, казуара, павлина и курицу к одному отряду. Сознавая искусственность своей системы, Линней пытался построить «естественную» систему, основанную на совокупности многих признаков, но не достиг цели.
Линней был противником идеи исторического развития органического мира. Он считал, что число видов остаётся постоянным и что со времени их "сотворения" они не изменялись, а потому задача систематики - раскрытие порядка в природе, установленного "творцом". Однако огромный опыт, накопленный Линнеем, его знакомство с растениями из различных местностей не могли не поколебать его метафизических представлений. В последних трудах Линней в очень осторожной форме высказывал предположение, что все виды одного рода составляли вначале один вид, и допускал возможность появления новых видов, образовавшихся в результате скрещиваний между уже существовавшими видами.
