Теснимые турками, византийцы всячески стремились заключить церковную унию с католическим Римом, тщетно надеясь таким образом получить помощь от Запада в борьбе с османами. Поэтому Константинополь попытался поставить во главе русской православной церкви «своего» митрополита – им в 1437 году стал греческий иерарх Исидор, сторонник унии с католиками. Однако на Руси он не прижился. Начав службу в Успенском соборе Москвы, Исидор приказал нести католический крест, помянул папу римского и зачитал текст Флорентийской унии. Все это вызвало негодование москвичей. Исидор был заточен в монастырь, но вскоре сбежал за границу, а впоследствии и низложен.
За низложением Исидора последовало событие, не имевшее аналога в истории Руси со времен крещения. В 1448 году рязанский епископ Иона был «наречен во митрополиты» не константинопольской патриархией, а собором русских епископов. Таким образом, вековая зависимость в делах церкви от Константинополя оказалась поколебленной. Изменилась сама схема церковно-политических представлений русских людей. Считавшие дотоле нормой в вопросах веры подчиняться авторитету греков, они теперь сочли возможным претендовать на самостоятельность своей церкви.
еретики - это изменники церковной веры, люди, совершившие грех пред очами Господа. На них у церкви имелась управа - святая инквизиция, в средние века это было самым обычным делом. Чтобы заставить еретиков сознается в своем грехе, была разработана система чудовищных пыток, заставляющих даже самых безобидных еретиков брать на себя вину за чудовищные преступления.
Борьбу против еретических идей и антиклерикальных течений церковь вела с жестоким фанатизмом и непримиримостью. Церковные соборы XII—XIII вв. обязывали не только духовенство, но и светскую власть принимать активное участие в этой борьбе. На соборах в разное время были преданы анафеме катары, пата-рены, вальденсы, позднее — бегины. Были признаны ересью и запрещены учения Иоахима Флорского, Амори Венского, позже — Петра Оливи, в XV в. — Джона Виклифа и Яна Гуса. Были осуждены и сожжены сотни руководителей еретических направлений и сект, а рядовые еретики подвергались жестоким преследованиям. Наиболее кровавой формой расправы с еретиками были вдохновлявшиеся церковью и папством крестовые походы: против альбигойцев (начался в 1209 г.), против апостоликов (1306—1307), пять крестовых походов против гуситов (1420—1431) и т. д.
Особую роль в борьбе с ересями играла инквизиция (от латинского inquisitio — расследование). Возникшая в конце XII в. как форма церковного суда, осуществлявшегося сначала епископами, инквизиция постепенно была изъята из-под контроля епископов и превратилась в первой половине XIII в. в самостоятельную организацию, обладавшую огромными полномочиями и подчиненную непосредственно папе. Постепенно инквизиция создала специальную систему розыска и судебного расследования по делам еретиков. Она широко ввела в практику шпионаж и доносы. У своих жертв она вырывала признания путем запутанных софистических ухищрений, к упорствующим же применялись изощренные пытки. Усердие инквизиторов и их доносчиков награждалось разделом между ними части имущества, конфискованного у осужденных. Уже в XIII в. наряду с еретиками инквизиция стала преследовать ученых и философов, проявлявших свободомыслие. Инквизиция лицемерно провозглашала принцип «непролития крови», поэтому уличенные в ереси передавались в руки светских властей для наказания. Наиболее распространенной карой для еретиков было сожжение на костре, причем нередко групповое (так называемое аутодафе — от португальского auto-da-fe — дело веры).
За низложением Исидора последовало событие, не имевшее аналога в истории Руси со времен крещения. В 1448 году рязанский епископ Иона был «наречен во митрополиты» не константинопольской патриархией, а собором русских епископов. Таким образом, вековая зависимость в делах церкви от Константинополя оказалась поколебленной. Изменилась сама схема церковно-политических представлений русских людей. Считавшие дотоле нормой в вопросах веры подчиняться авторитету греков, они теперь сочли возможным претендовать на самостоятельность своей церкви.