Молодые побеги и листья каперсника можно использовать в салатах или мариновать вместе с бутонами. В местах произрастания каперсника можно попробовать даже каперсовый мёд.
Цветы каперсов добавляют в различные салаты. Вкус сырых каперсов более острый, горьковатый. Каперсы используют с холодными закусками, супами, вторыми блюдами из мяса и рыбы; они входят в состав многих соусов, в том числе майонеза, горячих белых соусов к рыбе и мясу, салатам, сельди и блюдам из томатов; их также растирают с солью, чёрным перцем и подают к сыру. Каперсы — обязательный ингредиент блюд с анчоусами. Маринованные каперсы входят в состав классических французских соусов, таких, как тартар, равигот, ремуляд, а также каперсного соуса, который готовят на базе белого соуса, добавляя сливки, сливочное масло и каперсы. В Британии горячий соус с каперсами – традиционное дополнение отварной баранины. Каперсы хорошо сочетаются с пряностями — орегано, розмарином и тимьяном, базиликом, душицей и чесноком. В Италии, Франции, Испании, Северной Африке выращиваются и сортовые каперсы. На итальянском острове Пантеллерия растут каперсы, получившие марку IGP (защищённое географическое наименование), каперсы с острова Санторини считаются лучшими по вкусу, благодаря высокому содержанию вулканического пепла в почве .
Ягоды каперсов сладкие и сочные, напоминающие арбуз. Их обычно едят свежими или варят из них сладкое варенье, мармелад, который подают к сыру. Древние греки сушили плоды каперсов, чтобы использовать их для подслащения блюд.
В средиземноморской кухне используется масло из семян зрелых каперсов, им заправляют салаты; это же масло употребляется в медицине, как массажное.
Миндалины, находящиеся у входа в гортань, также содержат множество лимфоцитов и фагоцитов, уничтожающих микроорганизмы.